Os programas de pós-graduação – doutorados, mestrados, cursos de especialização e Residências da Universidade Federal do Piauí estão sob orientação da Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, órgão encarregado de conduzir administrativamente os programas. Atualmente, a UFPI possui os seguintes programas de pós-graduação reconhecidos pela CAPES:

Doutorado Institucional

• Ciência Animal

Mestrados

• Agronomia
• Educação
• Letras
• História do Brasil
• Políticas Públicas
• Química
• Ciências e Saúde
• Desenvolvimento e Meio Ambiente
• Enfermagem
• Farmacologia
• Ciência Política
• Ética e Epistemologia
• Matemática
• Agronomia - Solos e Nutrição de Plantas (Bom Jesus)
• Antropologia e Arqueologia
• Genética e Melhoramento
• Alimentos e Nutrição
• Física

Outras Pós-Graduações

• Rede Nordeste de Biotecnologia (RENORBIO)

Doutorados Interinstitucionais

• Agronomia (UNESP/Jaboticabal)
• História (UFF)
• Filosofia (UFMG)
• Ciências da Computação (Conveniada com a UESPI)
• Ciências da Comunicação (UNISINOS)
• Ciências Médicas (UNICAMP)
• Geografia (UFMG)