A Reitoria da UFPI é o órgão máximo executivo da Univesidade, sendo exercido nesse quadriênio (2008-2012) pelo Prof. Dr. Luiz de Sousa Santos Júnior, do Centro de Ciências da Natureza - Departamento de Química.

O atual Reitor e sua assessoria tem procurado implantar processos de gestão administrativa com o objetivo de analisar a qualidade das ações desenvolvidas, no âmbito de todas as suas instâncias, buscando compreender os sentidos e as representações que estas ações significam para a comunidade acadêmica e para a sociedade piauiense, em geral.

Na perspectiva de encontrar elementos para subsidiar o redimensionamento ou fortalecimento das políticas de ensino, pesquisa, extensão e gestão universitária, foi instituída a Comissão de Elaboração do Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI), que centrou esforços no intuito de realizar um trabalho que proporcionasse discussões em todos os segmentos da UFPI, respeitando as peculiaridades, as ações e os desafios, procurando estimular as diversas instâncias a motivarem-se e envolverem-se com as problemáticas institucionais, a partir da ação do planejamento estratégico de suas ações, na perspectiva de adoção de soluções adequadas e possíveis.

O PDI da UFPI, elaborado conforme as recomendações do Conselho Nacional de Educação (CNE) e as propostas dos Campi e dos Colégios Agrícolas, constitui-se em compromisso da UFPI com o Ministério da Educação (MEC) para, no período 2005 a 2009, desenvolver ações numa visão gerencial de qualidade voltada para a consolidação e expansão de uma Instituição de Educação Superior que atenda cada vez mais aos anseios da sociedade contemporânea. De acordo com a referida recomendação, o PDI/UFPI está estruturado em quatro fases contínuas e interativas, mas específicas.